Sebagai NGO yang bergerak pada bidang kegawatdaruratan medis dan kebencanaan, MER-C Jogja diharuskan memiliki mobilitas tinggi dan mampu melakukan tindakan secara tepat sasaran. Hal tersebut dimanifestasikan pada setiap misi kemanusiaan MER-C Jogja. Berikut sejumlah misi kemanusiaan yang pernah dilakukan oleh MER-C Jogja.

  1. Bencana banjir dan tanah longsor di akhir tahun 2000. Peristiwa ini yang menjadi latar belakang pendirian MER-C Cabang Jogja.
  2. Misi gempa Jogja tahun 2006.
  3. Misi erupsi Gunung Merapi Tahun 2010. Dilakukan dalam 2 gelombang misi.

    Pemeriksaan kesehatan bagi warga terdampak.
  4. Misi bencana lahar dingin pasca erupsi Gubung Merapi
  5. Misi bencana Erupsi Gunung Kelud tahun 2013
  6. Misi bencana tanah longsor di Banjarnegara, Jawa Tengah
  7. Misi bencana kebakaran Gunung Lawu

    Backup medis untuk relawan
  8. Misi bencana tanah longsor di Purworejo, Jawa Tengah. 2016

    Pelayanan kesehatan dor to dor
  9. Misi kemanusiaan di Poso

    Pelayanan kesehatan di Tamanjeka, Poso.
  10. Misi kemanusiaan bencana tanah longsor di Ponorogo

    Trauma healing untuk anak-anak terdampak bencana longsor.
  11. Misi kemanusiaan bencana gempa bumi di Pidie Jaya, Aceh

    Layanan kesehatan gratis untuk warga korban gempa di Pidie Jaya, Aceh.